โครงสร้างกรม

12 หน่วยงาน : 6 กอง/ 1 สถาบัน/ 2 สำนักงาน/ 2 กลุ่ม/ 1 โรงพยาบาล

ส่วนกลาง

อธิบดี
  • กลุ่มตรวจสอบภายใน
  • กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร
  • กองวิชาการและแผนงาน
รองอธิบดี 1
  • สถาบันการแพทย์แผนไทย
  • กองคุ้มครองและส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยและแพทย์พื้นบ้านไทย
  • กองกฎหมาย
  • กองสมุนไพรเพื่อเศรษฐกิจ
รองอธิบดี 2
  • สำนักงานเลขานุการกรม
  • กองการแพทย์ทางเลือก
  • กองพัฒนายาแผนไทยและสมุนไพร
  • สำนักงานบริหารกองทุนภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย
  • โรงพยาบาลการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ผสมผสาน

ส่วนภูมิภาค

ศูนย์การแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือก
  • เขตสุขภาพที่ 8 อุดรธานี (ก่อสร้างแล้วเสร็จ ปี 2566)
โรงพยาบาลสาขา (Extension OPD)
  • เขตสุขภาพที่ 6 ฉะเชิงเทรา
  • เขตสุขภาพที่ 9 สุรินทร์
  • เขตสุขภาพที่ 11 ชุมพร
  • เขตสุขภาพที่ 12 พัทลุง

หมายเหตุ : 8 หน่วยงานตามกฎกระทรวง 4 หน่วยงานจัดตั้งภายใน